生物信息学基础教程

2. 分子进化

分子进化研究通过比较不同物种或个体间的分子序列（如基因或蛋白），推断其演化关系与历史。核心步骤包括：

1. 多序列比对：确保同源位点正确对齐。
2. 模型选择：使用 jModelTest（DNA）或 ProtTest（蛋白）选择最佳核苷酸/氨基酸替换模型。
3. 构建系统发育树：常用方法包括邻接法（NJ）、最大似然法（ML，如 RAxML、IQ-TREE）和贝叶斯推断（如 MrBayes）。
4. 树的可视化与评估：通过 bootstrap 支持率或后验概率评估分支可靠性，工具如 FigTree、iTOL。

分子进化分析广泛应用于物种分类、基因家族扩张、正选择检测等领域。