在 Linux 命令行中：
一个字符都不能多！一个字符都不能少！一个字符都不能错！
例如：文件名为 chr21.fa，以下输入均为错误：
Chr21.fa （大小写敏感）chr21.fa.zip （多了后缀）chr21. fa （多了空格）chr21（1）.fa （非法字符或括号格式错误）bowtie2-build chr21.fa chr21
bowtie2 -x chr21 -1 test_1.fastq -2 test_2.fastq -S alignment.sam -p 4 --very-sensitive --no-unal
常用工具：SAMtools、featureCounts、HTSeq-count
常用工具：DESeq2、EdgeR、limma
基因表达分析结果通常通过以下图表展示：
示例数据文件已移除，请自行准备基因表达矩阵与差异表达结果后按下方步骤练习。
基因表达矩阵 和 差异表达结果 在数据格式上有何区别？
要点： 火山图使用差异表达结果；热图和小提琴箱线图使用基因表达矩阵。
基因表达数据：
行是基因，列是样本，数值是表达值（如 TPM、FPKM 或 counts）。
差异表达结果：
• Gene：基因名称。
• Log2FoldChange：Case 组 vs Control 组的 log₂ 倍数变化。正值表示上调，负值表示下调。
• P-value：差异显著性 p 值（通常 < 0.05 为显著）。
• Q-value：多重检验校正后的 p 值（如 FDR），< 0.05 通常认为可靠。
• Significance：根据统计阈值判定是否显著（如 “Significant” / “Not Significant”）。